linux系统配置tmux TMUX是一个终端复用程序,可以让用户在一个终端窗口中同时管理多个终端会话并轻松地在它们之间切换。也可以在其它窗口、会话和运行的程序之间切换,鼠标和键盘的操作都是非常方便的。在多个终端同时工作时,这可以大大提高工作效率。 tmux非常强大,愿意花时间折腾的话可以玩的花样很多。但是我一般只是用来保存和恢复工作区和防止网络不稳定掉线的情况。对我来说,tmux最大优点就是可以轻松应对无线网络不稳定的情况 2023-05-01 环境配置 #linux #tmux
使用vscode进行远程开发 进行远程开发有以下几个好处: 节省本地计算机资源:使用远程主机上的计算资源和存储空间,可以减轻本地计算机的负担,使本地计算机更加流畅。 便于多人协作:多人可以连接到同一远程主机上进行开发和编写代码,方便协同工作、分享代码和资源。 提高开发效率:通过远程开发,可以直接在远程主机上进行开发和编写代码,不需要将代码传输到本地计算机再进行操作,从而提高开发效率。 方便移植和部署:使用远程开发可以方便移植和 2023-04-10 环境配置 #linux #vscode #远程开发
chatgpt使用心得 主要使用场景文字处理工作 翻译 润色 中文润色 英文润色 扩写 Coding 写代码 在不使用第三方库时,回答准确度是比较高的。 但是如果遇到需要使用第三方库的情况,在实际使用中,经常需要花很多时间来debug。 解释代码 lint code 搜索 名词解释 举例说明帮助理解 总结 技术 2023-04-05 随笔 #效率 #GPT
使用tabix快速查询rsID和染色体位置 在和遗传变异打交道的过程中,我们经常需要根据基因组坐标和allele来注释rsid,通常如果只有一两个的话我们可以直接查询相关的网站,如NCBI dbSNP或者myvariant,但是如果想批量注释上百万甚至上千万的rsid,甚至有些时候需要通过rsid查询位置和allele,这个时候我们可能会想到VEP或者annovar等注释软件,但是这些软件通常需要特定的输入格式,如果我们的数据不是VCF等常 2023-03-28 小技巧 #Python #GWAS #annotation
使用装饰器实现在临时目录中的IO操作 使用python串流程的时候经常会做的操作是:构建所用软件的输入文件-调用软件-读取运行结果-删除产生的文件。如果需要并行的话,可能还需要每个任务单独建一个临时目录,并且报错的时候还希望保留临时目录以方便debug。为了方便,可以使用装饰器自动完成建目录和删除等操作。 1234567891011121314151617181920def io_in_tempdir(dir='./tmp& 2023-02-01 小技巧 #Python #pipeline
自动刷新github hosts 日常工作中经常会发现GitHub的访问会不稳定,有的时候可以有的时候又不可以。实际上GitHub是没有被墙的,只是受到DNS污染,就是无法找到GitHub正确的IP地址,因此我们可以通过修改hosts的方式告诉服务器GitHub的IP是多少。 切换到root 1su root 手动更新hosts 1sed -i "/# GitHub520 Host Start/Q" /etc 2022-10-16 环境配置 #Linux
tinyproxy代理配置 有时候处于内网的服务器不能直接访问外网,这对下载数据和conda以及github上的软件包带来了很大困扰。此时如果有一台内网服务器可以访问的服务器,而这台服务器又可以访问外网的话,我们就可以通过tinyproxy把这台服务器当作代理服务器,让内网服务器通过代理服务器间接访问外网。 ubuntu安装 1sudo apt-get install tinyproxy 配置:/etc/ 2022-10-03 环境配置 #Linux #proxy
参考基因组下载方式汇总 基因组学数据分析的第一步通常是搭建分析流程,而分析流程的第一步通常是下载分析的参考数据,这里我总结下载fasta的几种方式。 UCSC goldenPath以hg19为例: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz 解压之后是按染色体分开的多个文件,需要自己合并再建索引。 但是UCSC上可以很方便的获 2022-09-22 小技巧 #参考数据
基因ID转换的方法 不知道有多少人像我一样很奇怪为何基因的ID没有统一的命名,而且gene symbol也经常五花八门,导致我们经常要将拿到的gene list转换到需要的ID版本。 这样做的方法有很多,思路主要有两种,一种是下载相应的记录各种ID的匹配文件然后自己写脚本进行匹配,另一种是不下载文件,但是是实时访问数据库(API)进行查询。前者速度上有优势,但是下载的文件需要妥善存放,否则不知什么时候就找不到了;后者 2020-06-04 小技巧 #ID转换
如何优雅地清除复制文本所带的格式 就跟人类的本质一样,每个坐在电脑前的人使用最多快捷操作多半就是复制加粘贴。然而很多时候,这套快捷键并不能直接达到目的,因为粘贴的同时也粘贴内容原来的格式。其实这个问题也不大,无非就是用格式刷统一一下格式就行了,或者是先粘贴到浏览器搜索之类的地方先把附带的格式洗掉。这样一来,快捷键之后还要再花几秒时间,你是否还愿意称之为快捷操作呢。 我显然是不愿意多花这几秒钟的,毕竟人生苦短。 那么要怎么做才能优雅 2020-06-04 小技巧 #效率