基因ID转换的方法
不知道有多少人像我一样很奇怪为何基因的ID没有统一的命名，而且gene symbol也经常五花八门，导致我们经常要将拿到的gene list转换到需要的ID版本。
这样做的方法有很多，思路主要有两种，一种是下载相应的记录各种ID的匹配文件然后自己写脚本进行匹配，另一种是不下载文件，但是是实时访问数据库（API）进行查询。前者速度上有优势，但是下载的文件需要妥善存放，否则不知什么时候就找不到了；后者方便，随用随取，但是当查询量太大的话可能会出现网络方面的问题。
基本上每个这类数据库（NCBI, Ensembl…）都有这类文件的下载入口或者快捷访问的API，我试过很多，这里记录一下我觉得最方便的两个方式。
1. 从HGNC下载对应ID匹配文件
从HGNC的Customs Dowloads可以自定义选择你所需要的内容，一般常用的是NCBI Gene ID和Ensembl gene ID。下载完成之后保存到固定的地方，每次要转换ID时再读取即可。
地址：https://www.genenames.org/download/custom/
2. 使用MyGene API
MyGene是https://biothings.io/三叉戟中的一个，三叉戟都是很强大的API。
网站中有很详细的API示例： 
如果不会用API也没有关系，MyGene有对应的python包和r包，效果和API没有差别。
3. Biomart
最后再说一下介于前面两者之间的biomart，就和它的名字一样，它就是一个超市，你可以在线地选取你需要的数据集，就像是用API下载HGNC里的数据。biomart十分强大，但是在转换ID这件事情上我并不怎么用它，原因就是它太复杂，杀鸡焉用牛刀，而且最近好像连接不上。
我最常用的是第一种。以ensembl ID转gene ID为例，我把从HGNC下载到的文件提取出ensembl ID到gene ID的字典，然后存成pickle，每次需要的时候就可以直接load，转换时用map，省时又省力。